Đỗ Khắc Chung sinh ngày 24 tháng 11 Đinh Mùi (1247) ở làng Cam Lộ, huyện Giáp Sơn, Hưng Yên. Phụ thân là Đỗ Nhuận, mẹ là Vũ Thị Hương, đều làm nghề thầy thuốc.